Пример пгс: Составить по 3 предложения с ПГС, СГС, СИС. Сказуемые подчеркнуть. Указать, чем выражены компоненты сказуемого.

Содержание

СГС, ПГС, СИС виды сказуемых в таблице – что такое, как различать, правила и примеры в русском языке

4.5

Средняя оценка: 4.5

Всего получено оценок: 2076.

Обновлено 26 Октября, 2021

4.5

Средняя оценка: 4.5

Всего получено оценок: 2076.

Обновлено 26 Октября, 2021

В русском языке есть два главных члена предложения: подлежащее и сказуемое. Сказуемое бывает трёх видов: простое глагольное сказуемое (ПГС), составное глагольное сказуемое (СГС), составное именное сказуемое (СИС). Различать их необходимо по составу. В статье рассмотрим, как это сделать.

Сказуемое

Сказуемое — главный член предложения, которые обозначает не только действие предмета, но и то, что о нём говорится. Обычно вопросы сказуемого направлены на действия: что делать? что сделать?, но это могут быть и вопросы, помогающие узнать, каков предмет или что он обозначает.

Сегодня с утра воздух (каков?) свеж.

Март — (что такое?) предвестник весны.

Сказуемое может отвечать на вопросы: Каков? Какой? Что такое? Кто такой?.

Виды сказуемых

Сказуемое может быть выражено не одним словом, а несколькими: Я мечтаю стать чемпионом. В русском языке это абсолютно нормально. В зависимости от того, слова какой части речи входят в состав сказуемого и сколько их, есть три вида:

простое глагольное сказуемое — ПГС;
составное глагольное сказуемое — СГС;
составное именное сказуемое — СИС.

Простое глагольное сказуемое

Что такое ПГС, понятно из самого термина. Это сказуемое, которое состоит из одного глагола.

В Токио прошла олимпиада. Наши гимнасты победили.

В ПГС с глаголом может быть частица: Пусть подождёт. Пошли бы. Но это всё равно ПГС, потому что частица служит для образования формы слова.

Составное глагольное сказуемое

При определении этого сказуемого тоже обращаем внимание на термин. Составное — значит, состоит из чего-либо. А из чего может состоять сказуемое? Конечно, из слов. Глагольное — значит, слова, входящие в его состав, глаголы. Таким образом, составное глагольное сказуемое состоит из главной и вспомогательной части:

Главная часть СГС — инфинитив, в котором заключено основное лексическое значение

Вспомогательная часть — глагол в одном из наклонений

Схема СГС: инфинитив + вспомогательный глагол.

Гимнасты начали выступать.

СГС — начали выступать: инфинитив выступать + вспомогательный глагол в изъявительном наклонении начали.

Составное именное сказуемое

Составное именное сказуемое тоже по структуре похоже на составное глагольное, но из каких частей состоит, нам подсказывает опять же его название: именное. Значит, одно из слов может быть выражено частью речи, которую мы называем именем: имя существительное, имя прилагательное, имя числительное.

Вспомогательная часть СИС: глаголы-связки: быть, стать, мочь, являться, считаться и др.

Именная часть: существительное, прилагательное, причастие, категория состояния.

Схема СИС: вспомогательная часть + именная часть.

Всё небо было в тучах.

СИС — было в тучах: вспомогательная часть было + именная часть в тучах (имя существительное).

Чтобы не ошибиться при определении составного сказуемого, попробуйте заменить его одним словом. В саду сливы стали синими = В саду сливы посинели. Наши гимнасты одержали победу = Наши гимнасты победили.

Виды сказуемого

Простое глагольное сказуемое	Составное
Простое глагольное сказуемое	Именное сказуемое	Глагольное сказуемое
1 глагол (может быть с частицей)	Глагол-связка + именная часть	Инфинитив + вспомогательный глагол
Я возвращаюсь. Я вернулся бы.	В июле помидоры в теплице стали красными.	В конце августа мы начали готовиться ко Дню Знаний.

Как отличить тип сказуемого, поможет правило с примерами. Вчера он начал готовиться к экзаменам. Пробуем убрать одно из слов в сказуемом: без потери смысла не получается, значит, это составное сказуемое. Состоит из двух глаголов: значит, глагольное. Можем заменить одним словом: вчера он готовился к экзаменам. Соответственно, это СГС.

Что мы узнали?

В русском языке сказуемое делится на три вида: СГС, ПГС, СИС. К какому типу относится сказуемое, зависит от количества слов и части речи, которой они выражены.

Тест по теме

Доска почёта

Чтобы попасть сюда — пройдите тест.

Оценка статьи

4.5

Средняя оценка: 4.5

Всего получено оценок: 2076.

А какая ваша оценка?

Простое глагольное сказуемое — это.

.. (45 примеров)

Простое глагольное сказуемое — это главный член предложения, который называет действие или состояние предмета и выражается глаголом в форме одного из наклонений.

Выясним, что такое простое глагольное сказуемое, как оно выражается и на какие вопросы отвечает в предложении. Приведем примеры предложений с простым глагольным сказуемым.

Сказуемое — главный член предложения

Подлежащее со сказуемым составляют грамматическую основу двусоставного предложения. Сказуемое является равноправным членом предложения по отношению к подлежащему. Оно поясняет подлежащее, обозначающее предмет, соотносится с ним по смыслу и грамматически и отвечает на вопросы:

что делает предмет?
что он делал? что он сделал?
что будет делать предмет?
что говорится о предмете?
что с ним происходит?
каков предмет?
что он такое?
кто он такой?

Мутно-жаркое солнце (что делает?) смотрит в зеленоватое море, точно сквозь тонкую серую вуаль (М. Горький).

По всему лесу потрескивал (что делал?) мороз (В. Катаев).

О нем (что сделают?) напишут книги, каждый ребенок в мире ( что сделает?) будет знать его имя! (Лжоан Ролинг. Гарри Поттер и философский камень).

Сад (каков?) был невелик, но (каков?) полон укромных уголков (В. Солоухин).

Определение

Сказуемое — главный член предложения, называющий действие, состояние или признак предмета, который обозначен подлежащим, и отвечающий на вопросы: что делает? что делал? что будет делать? каков он? что он такое? кто он такой?

В составе грамматической основы различают следующие виды рассматриваемого главного члена предложения:

простое глагольное сказуемое;
составное глагольное сказуемое;
составное именное сказуемое.

Что такое простое глагольное сказуемое?

Простое глагольное сказуемое выражается глаголом любого наклонения, времени, лица или рода.

Примеры предложений из художественной литературы

Человек (что делает?) живет (гл. ед. ч. 3 лица, наст. вр., изъяв. накл.) в определенной окружающей среде (Д. Лихачёв).

Необыкновенные чувства (что делают?) возникают (гл. мн. ч. 3 лица, наст. вр. изъяв. накл.) в сердце впечатлительного охотника в чудесный утренний час! (И. Соколов- Микитов).

Книги Пушкин ( что делал?) любил (гл. ед. ч. муж. р. прош. вр. изъв. накл.) с детства (А. Гессен).

Солнце не будет на нас там глазеть (гл. ед. ч. 3 лица буд. вр. изъяв. накл.) (Джон Толкиен. Властелин колец).

Сейчас-то он, конечно, написал бы (гл. ед. ч. муж. р. услов. накл.) лучше (Джек Лондон. Мартин Иден).

Пусть поют ( гл. мн. ч. повел. накл.) в последний час (Джек Лондон. Морской волк).

Обратим внимание, что в составе простого глагольного сказуемого (ПГС) может быть не одно слово, а два, если сказуемое выражается сложной формой будущего времени глагола, состоящей из вспомогательного глагола «быть» в личной форме и смыслового глагола в неопределенной форме, например:

я буду говорить;
ты будешь писать;
он будет плыть;
мы будем отвечать;
вы будете рисовать;
они будут уговаривать.

Том ушёл, но уходя, пригрозил, что будет бродить поблизости (Марк Твен. Приключения Тома Сойера).

Долго ли он будет заниматься своей мирной профессией, полученной им ещё до начала самостоятельной жизни? (Рафаэль Сабатини. Одиссея капитана Блада).

Мы будем жить, соизмеряя годы прошедших дней и будущих веков (Ст. Куняев).

Эти сложные формы будущего времени глагола составляют простое глагольное сказуемое в предложениях. Отметим также, что в качестве ПГС используются глаголы повелительного наклонения, образованные с помощью формообразующих частиц «пусть», «пускай», «да», «давай», «давайте»:

пусть светит солнце;
пускай она скажет;
давай пойдем в парк;
давайте отправимся туда.

Пускай со стоном плачут глухари (С. Есенин).

Пускай она поплачет (М. Лермонтов).

Пусть она услышит, пусть она поплачет (С. Есенин).

Давай прочитаю тебе стихи!

Выражается следующими формами глагола	Примеры
Формой настоящего и прошедшего времени глагола	Россия готовится к Олимпиаде в Сочи. За право её проведения в своей стране боролись многие.
Формами условного и повелительного наклонения глагола	Читал бы ты побольше книг. Пусть сбудутся мои мечты.
Формой будущего времени глагола	Вас будут приглашать на роли главных героинь.

Сложные случаи выражения простого глагольного сказуемого

1. В качестве простого глагольного сказуемого употребляется инфинитив без связки, например:

Люди пахать, а мы руками махать (пословица).

2. Простое глагольное сказуемое выражается глаголом с различными частицами (знай себе, как бы, точно, словно, как будто, чуть, было и пр. )

В воздухе уже не так сильно пахло. В нем снова как будто разливалась сырость (И. Тургенев).

Смолистая сосна точно плакала, роняя янтарные слезы.

Тогда гуляй себе.

А он знай себе болбочет… (Братья Стругацкие. Пикник на обочине).

Мы встретились было, да поговорить не удалось.

Томясь скукой, старуха пошла было домой…

3. Фразеологизмы выступают в роли ПГС:

Вот и ломали они себе головы, как бы очиститься от обвинений в поджоге города (Генрик Сенкевич).

Чуть ли не в каждой избе кто-нибудь дышал на ладан (Владислав Реймонт. Мужики).

Человечество сходит с ума (Ю. Левитанский).

Максим кончает пехотное училище, будет тянуть армейскую лямку (Анатолий Рыбаков. Дети Арбата).

Мой друг слов на ветер не бросает.

4. Простое глагольное сказуемое образуют синтаксически неделимые словосочетания, состоящие из глагола, не имеющего самостоятельного лексического значения, и существительного, которое выражает значение сказуемого. Такие сочетания можно заменить однокоренным глаголом в соответствующей грамматической форме, например:

принял участие — участвовал;
оказала помощь — помогла;
одержал победу — победил;
даст обещание — пообещает;
выскажу упрек — упрекну;
брошу взгляд — взгляну;
производим ремонт — ремонтируем;
будет вести подготовку — подготовится;
подвели итоги — подытожили;
испытывать неприязнь — невзлюбить;
вести прием — принимать;
дал согласие — согласился.

Депутаты вчера провели голосование (проголосовали).

Эта мысль привела её в ужас (ужаснула).

Субоч все узнал и пришел в ярость (разъярился) (К. Паустовский).

5. Простое глагольное сказуемое — это спрягаемая глагольная форма с повтором:

Живут-поживают и горя не знают.

Я читаю-читаю, а понять ничего не могу.

6. Простое глагольное сказуемое — это междометие в роли глагола изъявительного наклонения

Мартышка, в Зеркало увидя образ свой, тихохонько Медведя толк ногой (И. А. Крылов).

Собака по берегу лягушек ловила, а щука цап её за ногу! (Эдуард Веркин).

Наверху стоит козел — и все бьет да бьет серебряным копытцем, а камни сыплются да сыплются. Вдруг Мурёнка скок туда же (П. П. Бажов. Серебряное копытце).

А старательный дятел — все тук да тук (Ю. Левитанский).

7. Простое глагольное сказуемое — инфинитив в роли глагола изъявительного наклонения

Он тебя бить (будет бить), а ты стой на своем (В. Слепцов).

Тут я кричать (закричал), а вода в рот льётся (М. Шолохов).

8. Простое глагольное сказуемое выражено сочетанием двух глаголов в одной форме

Пойду спрошу, когда начинать концерт.

Пойду-ка скажу ему… Дров пусть принесет.

Пойду распоряжусь насчет обеда.

9. В роли ПГС используются сочетание глагола с частицей «не» и инфинитива

В ту лесную глухомань доехать не доедешь, а только пешком можно добраться.

Видео «Простое глагольное сказуемое (8 класс)»

Класс S4 для представления набора показателей производительности каталога PGS — performance_metrics-class • quincunx

Источник: R/class-performance_metrics. R

performance_metrics-class.Rd

Объект performance_metrics состоит из девяти таблиц (слотов), объединенных
сформировать реляционную базу данных подмножества показателей производительности. Каждый
метрика производительности — это наблюдение (строка) в таблице scores (первая
стол).

показатели производительности

Таблица показателей производительности PGS (PPM). Каждый PPM (строка)
уникально идентифицируется столбцом ppm_id . Столбцы:

ppm_id: Идентификатор показателей производительности PGS. Пример: "PPM000001" .
pgs_id: Идентификатор Polygenic Score (PGS).
report_trait: Сообщенный автором признак того, что PGS был
разработан для прогнозирования. Пример: "Рак молочной железы" .
ковариат: Разделенный запятыми список ковариат, используемых в прогнозе
модель для оценки PGS.
комментариев: Любая другая информация, относящаяся к пониманию
показатели эффективности.

публикации

Стол публикаций. Каждая публикация (строка)
уникально идентифицируется столбцом pgp_id . Колонки:

ppm_id: Идентификатор показателей производительности PGS. Пример: "PPM000001" .
pgp_id: Идентификатор публикации PGS. Пример: "PGP000001" .
pubmed_id: ПабМед
идентификатор. Пример: "25855707" .
дата_публикации: Дата публикации. Пример: "2020-09-28" . Примечание
что класс publish_date это Дата .
публикация: Сокращенное наименование журнала. Пример: "Am J Hum Жене" .
название: Название публикации.
автор_полное имя: Первый автор публикации. Пример:
'Маваддат N' .
дои: Цифровой идентификатор объекта (DOI). Эта переменная также предназначена для
разрешить добавление в каталог неопубликованных работ (например, препринтов). Пример:
"10.1093/jnci/djv036" .

выборка_наборов

Таблица наборов образцов. Каждый выборочный набор (строка) уникален.
определяется столбцом pss_id . Столбцы:

ppm_id: Идентификатор показателей производительности PGS. Пример: "PPM000001" .
pss_id: Идентификатор набора образцов PGS. Пример: "PSS000042" .

образцы

Таблица образцов. Каждая выборка (строка) однозначно идентифицируется
комбинация значений из столбцов: ppm_id , pss_id ,
и sample_id . Столбцы:

ppm_id: Идентификатор показателей производительности PGS. Пример: "PPM000001" .
pss_id: Идентификатор набора образцов PGS. Пример: "PSS000042" .
идентификатор_образца: Идентификатор образца. Это суррогатный ключ для идентификации каждого образца.
этап: Стадия выборки: всегда должна быть оценка ( "eval" ).
размер_образца: Количество лиц, включенных в выборку.
пример_кейсов: Количество случаев.
образцы_управления: Количество органов управления.
sample_percent_male: Процент участников мужского пола.
фенотип_описание: Подробное описание фенотипа.
ancestry_category: Родословная, о которой сообщил автор, сопоставлена с наиболее подходящим
категория предков из каталога NHGRI-EBI GWAS (см.
ancestry_categories ) для возможных значений.
родословная: Более подробное описание происхождения образца
что обычно соответствует наиболее конкретному описанию, описанному авторами
(например, французский, китайский).
страна: Автор сообщил страны найма (при наличии).
ancestry_additional_description: Любое дополнительное описание не
отражены в других столбцах (например, основатели или генетически изолированные
популяции или дальнейшее описание смешанных образцов).
идентификатор_исследования: Связанный идентификатор доступа к исследованию каталога GWAS, например,
"GCST002735" .
pubmed_id: ПабМед
идентификатор.
cohorts_additional_description: Любое дополнительное описание
выборки (например, информация о подгруппах).

демографические данные

Таблица примерных демографических переменных. Каждый
демографическая переменная (строка) однозначно идентифицируется комбинацией
значения из столбцов: ppm_id , pss_id , sample_id ,
и переменная . Столбцы:

ppm_id: Идентификатор показателей производительности PGS. Пример: "PPM000001" .
pss_id: Идентификатор набора образцов PGS. Пример: "PSS000042" .
идентификатор_образца: Идентификатор образца. Это суррогатный идентификатор для
идентифицировать каждый образец.
переменная: Демографическая переменная. Следующие столбцы сообщают о
указанная переменная.
тип_оценки: Тип статистической оценки переменной.
оценка: Статистическое значение переменной.
шт.: Единица переменной.
variability_type: Мера статистической дисперсии для переменной, например
стандартная ошибка (se) или стандартное отклонение (sd).
изменчивость: Значение меры дисперсии.
тип_интервала: Тип статистического интервала для переменной: диапазон, iqr
(межквартильный), ci (доверительный интервал).
интервал_нижний: Нижняя граница интервала.
интервал_верхний: Верхняя граница интервала.

когорты

Таблица когорт. Каждая когорта (строка) однозначно идентифицируется
комбинация значений из столбцов: ppm_id , sample_id
и когорт_символ . Столбцы:

ppm_id: Идентификатор показателей производительности PGS. Пример: "PPM000001" .
идентификатор_образца: Идентификатор образца. Это суррогатный ключ для идентификации каждого образца.
когорт_символ: Символ когорты.
имя_группы: Полное имя когорты.

pgs_effect_sizes

Таблица размеров эффекта на изменение стандартного отклонения
в ПГС. Примеры включают коэффициенты регрессии (бета) для непрерывных
признаки, отношения шансов (OR) и/или отношения рисков (HR) для дихотомических признаков
в зависимости от наличия данных о времени до события. Размер каждого эффекта
однозначно идентифицируется комбинацией значений из столбцов:
ppm_id и effect_size_id . Столбцы:

ppm_id: Идентификатор показателей производительности PGS. Пример: "PPM000001" .
effect_size_id: Идентификатор размера эффекта. Это суррогатный идентификатор для
определить размер каждого эффекта.
оценка_type_long: Длинное обозначение размера эффекта (например, отношение шансов).
тип_оценки: Краткое обозначение величины эффекта (например, ИЛИ).
оценка: Оценочная стоимость.
шт.: Единица сметы.
variability_type: Мера статистической дисперсии для переменной, например
стандартная ошибка (se) или стандартное отклонение (sd).
изменчивость: Значение меры дисперсии.
тип_интервала: Тип статистического интервала для переменной: диапазон, iqr
(межквартильный), ci (доверительный интервал).
interval_lower: Нижняя граница интервала.
интервал_верхний: Верхняя граница интервала.

pgs_classification_metrics

Таблица показателей классификации. Примеры
включать зону под рабочей характеристикой приемника (AUROC) или
C-индекс Харрелла (статистика соответствия). Столбцы:

ppm_id: Идентификатор показателей производительности PGS. Пример: "PPM000001" .
classification_metrics_id: Идентификатор метрики классификации. Это
суррогатный идентификатор для идентификации каждой метрики классификации.
оценка_type_long: Длинное обозначение метрики классификации (например,
Статистика соответствия).
тип_оценки: Метрика классификации в кратком обозначении (например, C-индекс).
оценка: Оценочная стоимость.
шт.: Единица сметы.
variability_type: Мера статистической дисперсии для переменной, например
стандартная ошибка (se) или стандартное отклонение (sd).
изменчивость: Значение меры дисперсии.
тип_интервала: Тип статистического интервала для переменной: диапазон, iqr
(межквартильный), ci (доверительный интервал).
interval_lower: Нижняя граница интервала.
интервал_верхний: Верхняя граница интервала.

pgs_other_metrics

Таблица других показателей, не влияющих ни на
размеры, ни показатели классификации. Примеры включают: R² (доля
объясненное отклонение) или показатели реклассификации. Столбцы:

ppm_id: Идентификатор показателей производительности PGS. Пример: "PPM000001" .
other_metrics_id: Другой идентификатор метрики. Это
суррогатный идентификатор для идентификации каждой метрики.
оценка_type_long: Длинное обозначение метрики. Пример: «Доля объясненной дисперсии».
тип_оценки: Краткая метрика. Пример: «R²».
оценка: Оценочная стоимость.
шт.: Единица сметы.
variability_type: Мера статистической дисперсии для переменной, например
стандартная ошибка (se) или стандартное отклонение (sd).
изменчивость: Значение меры дисперсии.
тип_интервала: Тип статистического интервала для переменной: диапазон, iqr
(межквартильный), ci (доверительный интервал).
интервал_нижний: Нижняя граница интервала.
интервал_верхний: Верхняя граница интервала.

воспроизводимый рабочий процесс для расчета полигенных баллов — Polygenic Score (PGS) Catalog Calculator document

Рабочий процесс pgsc_calc упрощает вычисление полигенной оценки (PGS) с использованием
файлы оценок, опубликованные в каталоге Polygenic Score (PGS) 🧬
и/или пользовательские файлы оценки.

Рабочий процесс калькулятора автоматизирует загрузку PGS из Каталога,
сопоставление вариантов между файлами подсчета очков и наборами образцов целевого генотипа,
и параллельный расчет нескольких PGS.

Сводка рабочего процесса

В настоящее время конвейер (реализованный в nextflow) работает по:

Загрузка файлов оценки с помощью API каталога PGS в указанной сборке генома (GRCh47 и GRCh48).
Чтение пользовательских файлов оценки (и выполнение переноса, если данные генотипирования находятся в другой сборке).
Автоматически объединяет и создает файлы оценки для эффективного параллельного вычисления нескольких PGS
Вычисляет PGS для всех образцов (линейная сумма веса и дозировки)
Создает сводный отчет для визуализации распределения баллов и метаданных конвейера (вариант, соответствующий контролю качества)

Конвейер создан на основе PLINK 2 и пакета python PGS Catalog Utilities (для взаимодействия
с API-интерфейсом каталога, обработкой файлов результатов и сопоставлением вариантов).

Информацию см. в разделе «Возможности в разработке».
о планируемых обновлениях.

Быстрый пример

Установка Nextflow
Установите Docker или Singularity (минимум v3.8.3 ) для полной
воспроизводимость или Conda как запасной вариант
Рассчитать некоторые полигенные баллы, используя данные синтетического теста:

 $ nextflow запустить pgscatalog/pgsc_calc -профильный тест,докер

Рабочий процесс должен вывести:

 . .. <сообщения о конфигурации намеренно не показаны> ...
-------------------------------------------------- ----
Если вы используете pgscatalog/pgsc_calc для анализа, укажите:
* Каталог полигенных партитур
  https://doi.org/10.1038/s41588-021-00783-5
* Фреймворк nf-core
  https://doi.org/10.1038/s41587-020-0439-Икс
* Программные зависимости
  https://github.com/pgscatalog/pgsc_calc/blob/master/CITATIONS.md
-------------------------------------------------- ----
исполнитель > местный (7)
[49/d28766] процесс > PGSC_CALC:PGSCALC:INPUT_CHECK:SAMPLESHEET_JSON (samplesheet.csv) [100%] 1 из 1 ✔
[c3/a8e0d9] процесс > PGSC_CALC:PGSCALC:INPUT_CHECK:SCOREFILE_CHECK [100%] 1 из 1 ✔
[- ] процесс > PGSC_CALC:PGSCALC:MAKE_COMPATIBLE:PLINK2_VCF -
Процесс [7c/5cca6c] > PGSC_CALC:PGSCALC:MAKE_COMPATIBLE:PLINK2_BFILE (cineca_synthetic_subset) [100%] 1 из 1 ✔
[3b/ce0e39] процесс > PGSC_CALC:PGSCALC:MAKE_COMPATIBLE:MATCH_VARIANTS (cineca_synthetic_subset) [100%] 1 из 1 ✔
[2e/fb3233] процесс > PGSC_CALC:PGSCALC:APPLY_SCORE:PLINK2_SCORE (cineca_synthetic_subset) [100%] 1 из 1 ✔
[b5/fc5b1e] процесс > PGSC_CALC:PGSCALC:APPLY_SCORE:SCORE_REPORT (1) [100%] 1 из 1 ✔
[03/009cb6] процесс > PGSC_CALC:PGSCALC:DUMPSOFTWAREVERSIONS (1) [100%] 1 из 1 ✔
-[pgscatalog/pgsc_calc] Конвейер успешно завершен-

Примечание

Параметр профиля docker можно заменить на сингулярность или
conda в зависимости от вашей локальной среды

Если вы хотите попробовать рабочий процесс с вашими данными, ознакомьтесь с
Раздел «Начало работы».

Документация

Начало работы: установите pgsc_calc и быстро рассчитайте некоторые полигенные оценки
Практические руководства: пошаговые руководства, охватывающие различные варианты использования
Справочники: техническая информация о конфигурации рабочего процесса

Список изменений

На странице журнала изменений описаны исправления и улучшения для каждой версии.

Функции в разработке

В будущем калькулятор будет включать новые функции для интерпретации PGS:

Genetic Ancestry : вычислить сходство целевых образцов с популяциями в
набор справочных данных (например, 1000 геномов (1000G), Проект разнообразия геномов человека (HGDP))
с использованием анализа главных компонентов (PCA).
Нормализация PGS : Использование эталонных данных о населении и/или прогнозов PCA для отчета
прогнозы PGS на индивидуальном уровне (например, процентили, z-показатели), которые учитывают генетическое происхождение.

Кредиты

pgscatalog/pgsc_calc разработан в рамках проекта каталога PGS,
сотрудничество между Департаментом общественного здравоохранения Кембриджского университета
и первичной медико-санитарной помощи (Майкл Иноуэ, Сэмюэл Ламберт) и Европейский
Институт биоинформатики (Хелен Паркинсон, Лаура Харрис).

Конвейер стремится обеспечить стандартизированный рабочий процесс для расчета PGS и
вывод о происхождении, реализованный в nextflow на основе существующего набора
инструменты/скрипты, разработанные лабораторией Inouye (Rodrigo Canovas, Scott Ritchie, Jingqin
Ву) и команды каталога PGS (Сэмюэль Ламберт, Лоран Хиль).

Адаптация кодовой базы, реализации nextflow и функций каталога PGS.
написаны Бенджамином Вингфилдом, Сэмюэлем Ламбертом, Лораном Жилем с дополнительным вкладом
от Аойф МакМахон (EBI). Разработка новых функций, тестирование и проверка кода
продолжается, включая членов лаборатории Inouye (Родриго Кановас, Скотт Ричи) и других. А
рукопись с описанием инструмента находится в стадии подготовки (см. Цитаты), и мы
приветствуйте постоянную обратную связь с сообществом до этого.

Цитаты

Если вы используете pgscatalog/pgsc_calc в своем анализе, укажите:

Калькулятор каталога PGS (в разработке) . Каталог ПГС
Команда. https://github.com/PGScatalog/pgsc_calc
Ламберт и др. (2021) Каталог Polygenic Score как открытая база данных для
воспроизводимость и систематическая оценка. Генетика природы. 53: 420–425
doi: 10.1038/s41588-021-00783-5.

Кроме того, не забудьте указать основные публикации для любых оценок каталога PGS.
вы используете в своих анализах, а также базовые данные/программные инструменты, описанные в файле цитирования.

Информация о лицензии

Этот конвейер распространяется под лицензией Apache 2.0, но использует
несколько программ и наборов данных с открытым исходным кодом (полный список в файле цитат)
которые распространяются по их собственным лицензиям.